El análisis de la variación del cromosoma Y ha proporcionado valiosas pistas sobre la historia paterna de poblaciones de animales domésticos. El objetivo principal del trabajo actual fue caracterizar el cromosoma Y y estudio de la diversidad en 31 poblaciones de cabras del centro-este (Suiza y Rumania) y del sur de Europa (España e Italia) así como en poblaciones de referencia de África y Oriente Próximo.

Hemos observado un bajo nivel de variabilidad en el cromosoma Y de la cabra, con solo cinco haplotipos segregándose en todo el conjunto de poblaciones. También se ha observado que en los suizos se encuentra exclusivamente haplotipos Y1 (Y1A: 24%, Y1B1: 15%, Y1B2: 43% y Y1C: 18%), mientras que en machos italianos y españoles Y2A es el haplotipo más abundante (77%). Curiosamente, en las cabras de los Cárpatos de Rumanía el haplotipo Y2A también es frecuente (42%)

En la diferenciación entre razas el cromosoma Y de las diferentes razas estudiadas suizas e italianas/españolas, podría deberse a la posterior domesticación y propagación de dos diferentes reservas genéticas del Cercano Oriente a través del Danubio y el Mediterráneo. La histórica relación entre las cabras del sur de Europa y del norte de África también podría haber contribuido a generar dicho patrón de diferenciación genética.